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1 / 8 Un segment d’ADN à l’échelle Voici 44 paires de bases d’ADN, soit environ 15 nm de long. Les barres noires donnent l’échelle : l’hélice fait 2 nm de large et effectue un tour tous les 3,4 nm. La séquence est un exemple inventé pour le modèle.
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01 Un segment d’ADN à l’échelle Voici 44 paires de bases d’ADN, soit environ 15 nm de long. Les barres noires donnent l’échelle : l’hélice fait 2 nm de large et effectue un tour tous les 3,4 nm. La séquence est un exemple inventé pour le modèle.
02 D’où vient le guide Les bactéries conservent des morceaux d’ADN viral entre de courtes répétitions de leur propre génome, le locus CRISPR. Chaque morceau est copié en un ARN qui conduit une protéine Cas jusqu’au même virus s’il revient.
03 Cas9 transporte le guide Cas9 arrive en tenant l’ARN guide (orange). La protéine est dessinée transparente pour que vous puissiez suivre l’ARN. Son extrémité de 20 lettres est la partie que vous pouvez modifier dans la case sous le modèle.
04 D’abord, trouver un PAM Cas9 ne s’accroche à l’ADN qu’à côté de NGG. Ici, le PAM est TGG. Désactivez « PAM (NGG) » dans « Réglages » et la protéine passe sans ouvrir l’hélice.
05 Le guide s’apparie depuis le PAM L’ADN s’ouvre paire de bases par paire de bases depuis l’extrémité du PAM, et le guide s’apparie au brin foncé tandis que le brin gris est repoussé. Tapez une autre lettre dans le guide et l’appariement s’arrête à cette lettre.
06 Deux domaines, deux coupures Quand les 20 bases sont appariées, le domaine HNH (vert) pivote en place et coupe le brin foncé. RuvC (rose) coupe le brin gris. Les deux coupures tombent 3 paires de bases avant le PAM.
07 Réparation par jonction des extrémités Sans matrice, la cellule recolle les extrémités. Cela ajoute ou retire souvent quelques bases ; le modèle montre une paire de bases en plus, marquée par l’anneau.
08 Réparation à partir d’une matrice Avec « Matrice de réparation » activée, un morceau d’ADN correspondant se place près de la cassure et la cellule le recopie. Trois paires de bases au niveau de la coupure prennent la couleur des lettres de la matrice.
Double hélice d’ADN Deux brins sucre-phosphate enroulés l’un autour de l’autre, de 2 nm de large, avec un tour tous les 3,4 nm (10 paires de bases). Le brin gris porte les mêmes lettres que le guide ; le brin foncé est celui auquel le guide s’apparie. Paires de bases A s’apparie avec T et C avec G, une paire tous les 0,34 nm. Couleurs : A vert, T rouge, G jaune, C bleu et U (dans l’ARN) violet. Cible (protoespaceur) Les 20 paires de bases qui correspondent au guide. Ici le guide s’apparie au brin foncé, et le brin gris est repoussé en boucle, la boucle R. PAM (NGG) Trois bases juste après la cible sur le brin gris : une base quelconque, puis deux G. Ici, c’est TGG. Cas9 cherche d’abord ce motif et n’ouvre l’ADN qu’à côté. ARN guide Un seul brin d’ARN. Les 20 premières lettres (l’espaceur) choisissent la cible ; le reste (l’échafaudage) maintient le guide dans Cas9. Il réunit le crRNA et le tracrRNA qu’utilise la bactérie. Lobe REC Le lobe de reconnaissance de Cas9. Il tient l’ARN guide et la paire ARN-ADN. Représenté par une masse souple, pas par la surface mesurée. Domaine RuvC L’un des deux domaines de coupure, dans le lobe nucléase. Il coupe le brin gris, celui qui n’est pas apparié au guide. Domaine HNH L’autre domaine de coupure. Il ne pivote en place que lorsque le guide s’est apparié tout le long de la cible, puis il coupe le brin foncé, celui qui est apparié au guide. Domaine d’interaction avec le PAM La partie de Cas9 qui lit le PAM. Deux arginines reconnaissent la paire GG par des liaisons hydrogène. Site de coupure Les deux brins sont coupés 3 paires de bases avant le PAM, au même endroit, donc les extrémités sont le plus souvent franches. Après la coupure, l’anneau marque les paires de bases modifiées par la réparation. Matrice de réparation Un morceau d’ADN qui correspond aux deux côtés de la coupure et porte trois paires de bases modifiées. S’il est présent, la cellule peut recopier la modification au site de coupure. Locus CRISPR Chez la bactérie, de courtes répétitions (grises) alternent avec des espaceurs (colorés) copiés sur des virus qui l’ont attaquée auparavant. Chaque espaceur devient un guide.
